Tại khu vực vùng đồng chiêm trũng phía bắc tỉnh Nam Hà (cũ) nay là các xã thuộc tỉnh Ninh Bình được Nhà nước quy hoạch, đầu tư xây dựng hệ thống công trình thủy lợi Bắc Nam Hà gồm: 6 trạm bơm điện (Cốc Thành, Cổ Đam, Hữu Bị, Vĩnh Trị I, Như Trác, Nhâm Tràng) và hệ thống cống, đập, kênh mương

Sau khi hoàn thành việc đầu tư xây dựng hệ thống công trình thủy lợi, UBND tỉnh Nam Hà (cũ) thành lập Công ty khai thác công trình thủy lợi I Nam Hà để quản lý, vận hành thống công trình thủy lợi 6 trạm bơm điện lớn tưới , tiêu chủ động cho trên 59.000 ha đất nông nghiệp, tiêu úng cho khoảng 85.326 ha diện tích mặt bằng trong khu vực theo nhiệm vụ quy hoạch được Bộ Thủy lợi (nay là Bộ Nông nghiệp và PTNT) phê duyệt

Theo Quyết định số 84/1999/QĐ-BNN-TCCB ngày 22/5/1999; số 102/QĐ-BNN-TCCB ngày 05/7/1999 của Bộ Nông nghiệp và PTNT (nay là bộ Nông nghiệp và Môi trường) về việc phân cấp quản lý hệ thống thủy nông Bắc Nam Hà và tiếp nhận công ty Khai thác công trình thủy lợi I Nam Hà. Từ ngày 01/7/1999 Công ty được đổi tên thành Công ty Khai thác công trình thủy lợi Bắc Nam Hà và trực thuộc Bộ Nông nghiệp và Môi trường quản lý

Thực hiện Quyết định số 27/QĐ-BNN-ĐMDN ngày 04/01/2008 của Bộ Nông nghiệp và PTNT phê duyệt đề án chuyển đổi doanh nghiệp nhà nước theo Luật doanh nghiệp Nhà nước số 60/2005/QH11 và Nghị định số 95/2006/NĐ-CP. Từ ngày 04/01/2008 công ty chuyển đổi mô hình hoạt động từ doanh nghiệp nhà nước hoạch toán độc lập thành Công ty TNHH một thành viên Khai thác công trình thủy lợi Bắc Nam Hà do nhà nước nắm giữ 100% vốn điều lệ

Căn cứ quyết định số 281/QĐ-BNN-QLDN ngày 25 tháng 02 năm 2014 của Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Môi trường quyết định ban hành Điều lệ Tổ chức và hoạt động của Công ty TNHH một thành viên Khai thác công trình Thủy lợi Bắc Nam Hà: Vốn điều lệ của công ty được ghi nhận tại thời điểm 31/12/2010 là 291.881.254.914 đồng và Quyết định số 2591/QĐ-BNN-ĐMDN ngày 01/11/2013 của Bộ Nông nghiệp và Môi trường về việc xếp hạng doanh nghiệp công ty được xếp hạng I

Quản lý vận hành hệ thống đảm bảo an toàn, hiệu quả để cung cấp nguồn nước tưới cho sản xuất nông nghiệp, công nghiệp, dân sinh kinh tế khu vực thuộc tỉnh Ninh Bình. Phát triển thêm các hoạt động kinh doanh tổng hợp, đúng pháp luật để phát huy hiệu quả nguồn lực nhà nước giao quản lý, sử dụng. Tăng cường công tác quản trị, điều hành doanh nghiệp; sử dụng hiệu quả vốn, tài sản và mọi nguồn lực nhà nước giao.